6月に営業手当Bや窓口事業営業手当が支給されたことにより、標準期末手当等の額に関する掛金等が給与から控除されたことが原因と考えられます。

営業手当Ｂや窓口事業営業手当は、月例給与の支給日である毎月24日（休日の場合は前営業日）に支給されますが、月例給与ではなく、賞与等と同じ「標準期末手当等の額」として取り扱われます。

そのため、6月24日の給与からは、
　・標準報酬の月額に基づく掛金等
　・標準期末手当等の額に基づく掛金等
の両方が控除されることで、他の月と比べて掛金等の金額が高くなることがあります。